کوه خضر نبی در ۶ کیلومتری از مرکز قم به سمت جنوب و در جوار شهرک ایثار قرار دارد و از فراز این کوه تمام شهر قم دیده می‌شود . بر قله این کوه در سه هزار سال پیش غاری بوده که امروز به مسجد کوچکی تبدیل شده است و گفته می‌شود که در زمان قدیم این مسجد محل زیارت حضرت خضر نبی بوده است .
سالها پیش قبل از اینکه هنوز شهر قم آنقدر بزرگ نشده بوده این کوه محل نیایش عارفان بوده است . مسجد مقدس جمکران نیز در نزدیکی این کوه قرار دارد امروزه نیز شهرداری قم مسیر زائران مسجد مقدس جمکران را طوری طراحی کرده که از دامنه این کوه می‌گذرد و این زائران می‌توانند با خیال آسوده این مکان را هم زیارت کنند .
کوه خضر نبی از نظر تفریحی نیز مورد توجه ساکنان قم بوده و در روزهای تعطیل شاهد حضور خیل عظیم جمعیت به سمت این کوه هستیم و همچنین در طراحی مسیر بالارفتن از این کوه این نکته در نظر گرفته شده است که هر گروه سنی چه خردسال و چه کهنسال بتواند از ان بالا رود که از بعد ورزشی نیز قابل توجه ساکنان قم قرار دارد . در دامنه این کوه چندین شهید گمنام به خاک سپرده شده‌اند . در سال 1380 جاده‌ای از پایین این کوه به سمت مسجد مقدس جمکران کشیده شد که آمد و شد زائران را راحت کند .